متن پیام حضرت آیت‌الله خامنه‌ای به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
انا لله و انا الیه راجعون
با تأسف و اندوه خبر درگذشت فقیه عالیقدر و رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام، آیةالله آقای حاج سیدمحمود هاشمی شاهرودی رضوان الله علیه را دریافت کردم. این ضایعه‌ی اسفبار که پس از حدود یک سال بیماری سخت و دردناک واقع شده است، مایه‌ی تألّم همه‌ی کسانی است که به مقام علمی و خدمات باارزش ایشان به نظام اسلامی و نیز به مجموعه‌های فقهی و اصولی و حقوقی حوزه‌های علمیّه آشنا میباشند. ایشان استادی بزرگ در حوزه علمیه قم و کارگزاری باوفا در مهمترین تشکیلات نظام جمهوری اسلامی، عضو مؤثری در شورای نگهبان و رئیس موفّقی در مجمع تشخیص مصلحت بودند و آثار و برکات علمی بسیاری از خود بر جای نهادند. ایشان همچنین برادر سه شهید و از یاران و شاگردان و همراهان شهید نام‌آور و بزرگوار سیدمحمدباقر صدر بود. اینجانب مصیبت درگذشت این عالم برجسته را به خاندان مکرم، همسر گرامی و فرزندان محترم و همه وابستگان و نیز به حوزه‌ی علمیه قم و شاگردان و همکاران علمی و ارادتمندان ایشان تسلیت میگویم و رحمت و مغفرت الهی و علوّ درجات ایشان را از خداوند متعال مسألت مینمایم.
سیّدعلی خامنه‌ای
۴ دی ۱۳۹۷